Итак, игра пользуется шаблонами юнитов. В шаблоне задаются базовые значения характеристик, навыков и умений. Еще в шаблоне устанавливается уровень юнита. При запуске новой игры, происходит повышение уровня юнита, до указанного в шаблоне. Также, как при получении уровня Главным Героем, юниту выдаются свободные очки характеристик, навыков и умений, которые игра распределяет случайным образом. Но по тому же принципу, что и игрок - то есть, если игра вкладывает одно очко в характеристику "интеллект", то к очкам навыков прибавляется еще один, и так далее.
Хочу обратить внимание на такую вещь: все юниты получают случайные дополнительные очки параметров при старте игры независимо друг от друга. При этом не учитывается, что одни юниты, с точки зрения линеек развития, являются начальными, а другие последующими. Что это такое? Например, у нас есть фракция "Армейка" и в ней мы имеем стартовый юнит "салага", который мы можем улучшить до юнита "черпак". Нам кажется, что юнит "черпак", который получился из юнита "салага" - это один и тот же игровой объект. Но это не так. Для игры это два абсолютно разных юнита. Параметры, как "салаги", так и "черпака", рассчитываются абсолютно независимо друг от друга. Например, боец "салага" имеет уровень 4, а боец "черпак" - уровень 9. Базовые характеристики у них одинаковы:

Сила 7, Ловкость 5, Интеллект 4, Харизма 4
Базовые навыки и умения различны, причём у "черпака" они выше, чем у "салаги" изначально, но мы их рассматривать не будем. Достаточно и характеристик.
Итак, начало новой игры, и расчёт параметров.
Боец "Салага", уровень 4. Получает 4 свободных очка характеристик, которые распределяются случайным образом:
1. Сила 11, Ловкость 5, Интеллект 4, Харизма 4
Сила (7+4), Ловкость (5+0), Интеллект (4+0), Харизма (4+0)
но может быть так:
2. Сила 7, Ловкость 6, Интеллект 5, Харизма 5
Сила (7+0), Ловкость (5+1), Интеллект (4+1), Харизма (4+2)
или так:
3. Сила 8, Ловкость 8, Интеллект 4, Харизма 4
Сила (7+1), Ловкость (5+3), Интеллект (4+0), Харизма (4+0)

Боец "Черпак", уровень 9. "Черпак" имеет больший уровень, и получает уже 9 свободных очков характеристик, которые игра опять распределяет случайным образом, отталкиваясь от базовых значений:
1. Сила 13, Ловкость 6, Интеллект 6, Харизма 4
Сила (7+6), Ловкость (5+1), Интеллект (4+2), Харизма (4+0)
а может быть так:
2. Сила 11, Ловкость 8, Интеллект 5, Харизма 5
Сила (7+4), Ловкость (5+3), Интеллект (4+1), Харизма (4+1)
или вот так:
3. Сила 9, Ловкость 7, Интеллект 6, Харизма 7
Сила (7+2), Ловкость (5+2), Интеллект (4+2), Харизма (4+3)

Обратите внимание, что в очки характеристик прибавлялись к базовым, одинаковым как у "салаги", так и у "черпака". Таким образом, может получиться так, что наш "салага" будет "сильнее" "черпака" (например, "салага1" имеет силу большую, чем "черпак3"). 
Как же такой черпак сможет построить салагу? - возникает закономерный вопрос!
А очень просто. Не забываем, что помимо характеристик, у каждого юнита есть еще навыки и умения. У юнитов с более высоким уровнем, базовые значения навыков и умений (не путать с характеристиками), будут выше.
Для наших "черпака" с "салагой", базовые умения будут выглядеть примерно так:
"Салага", уровень 4
Сила 7, Ловкость 5, Интеллект 4, Харизма 4
Одноручное 56, Двуручное 45, Древковое 61
Луки 12, Арбалеты 33, Метательное 65

"Черпак", уровень 9
Сила 7, Ловкость 5, Интеллект 4, Харизма 4
Одноручное 78, Двуручное 45, Древковое 83
Луки 12, Арбалеты 59, Метательное 65

Конечно, возможны и другие варианты, но мы их рассматривать не будем. Оно нам надо?
Как видно из приведённых примеров, "черпак" однозначно обращается с оружием лучше, чем "салага". Не забываем - в примерах приведены базовые значения, которые при старте новой игры, будут увеличены в соответствии с уровнем юнита. То есть станут еще больше, но "салага" всё равно будет отставать от "черпака".
Помимо умений, сумма очков характеристик у "салаги", будет меньше её же, у "черпака". Помимо этого, боец "черпак", будет иметь лучшую, по сравнению с "салагой", экипировку. Ну, оно и понятно 
Рассчитаный по описанной схеме шаблон, игра использует создании любого юнита. Все ваши "салаги" в игре будут иметь одинаковые параметры. Поэтому не удивляйтесь и не топочите ногами, если у вас сгенерился вариант "салага1"->"черпак3". Утештесь тем фактом, что ваш "черпак" стопудово будет щеголять в каких-нибудь мегаберцах, и в руках у него будет вовсе не "учебный АК" с просверленным стволом, в отличие от "салаги" 

Надеюсь, теперь с нативным улучшением юнитов, всё более-менее ясно. Переходим к особенностям мода. Собственно, нам осталось прояснить, что происходит при улучшении юнита типа "боец" до юнита типа "= боец =", а потом при улучшении юнита "= боец =" до юнита "мегабоец".
Возьмём конкретных бойцов для нашего разъяснения. Пусть роль юнита "боец" играет Пешец, а роль юнита "мегабоец" - Копейщик. В модификации "Русь XIII век", в отличие от натива, базовые характеристики для всех юнитов имеют вот такой вид:
Сила 10, Ловкость 10, Интеллект 0, Харизма 0
Вопросы типа "Почему так?", можете не задавать - я не знаю, я не разработчик.
Больших отличий от натива, при получении бойцами следующего уровня, в моде нет. Есть нюансы. Один из них - возможность при очередном улучшении юнита, выбирать не из двух вариантов его дальнейшего развития, а из трёх и более. Для этого разработчикам пришлось немного поломать нативную схему развития, на чём некоторые игроки заострили своё внимание, и посыпались вопросы, подобные тому, что вынесен в подзаголовок данной статьи.
Что же мы имеем в моде? А имеем мы следующее:
юнит Пешец (на его месте, как вы понимаете, может быть любой другой юнит) получает при старте игрыуровень 15, и вот такие характеристики:
Сила 15, Ловкость 14, Интеллект 3, Харизма 3
а возможно такие:
Сила 16, Ловкость 13, Интеллект 3, Харизма 3
или такие:
Сила 13, Ловкость 14, Интеллект 3, Харизма 5

юнит = Пешец = - уровень 19, и характеристики:
Сила 17, Ловкость 15, Интеллект 4, Харизма 3
или:
Сила 19, Ловкость 15, Интеллект 4, Харизма 1
или:
Сила 13, Ловкость 13, Интеллект 6, Харизма 7

Обратили внимание, что уже юнит = Пешец = может быть "слабее" юнита Пешец? Хорошо.
Теперь рассмотрим юнит Копейщик, который имеет уровень 19, как и = Пешец =, и следующие характеристики:
Сила 16, Ловкость 15, Интеллект 4, Харизма 4
или любые другие, как вы теперь (надеюсь) понимаете.

Что изменилось у Копейщика, по сравнению с = Пешцем =? В первую очередь, экипировка. Не забываем про это. Да, отдельные Копейщики могут надеть на себя ту же броню, что и = Пешцы =, и даже Пешцы. Но это уже дело случая. Еще у Копейщика увеличились значения умений в большую, по сравнению с = Пешцем =сторону.

Поэтому, даже если какая-то из характеристик у Копейщика ниже чем у = Пещца =, нельзя сказать, что первый, слабее второго.

Опять же, не забываем, что модификация еще находится в стадии разработки, и её создатели ищут наиболее оптимальные варианты развития.